1856—1872年(咸丰六年至同治十一年)间云南以回民为主并有汉、彝、傣等民族农民参加的反清起义。1856年(咸丰六年)云南临安(今建水)回族与汉族绅士因争夺楚雄石羊银矿发生械斗。当地清朝官吏暗中挑拨，希图借功邀利，云贵总督恒春和云南巡抚舒兴阿“护汉抑回”，密令各府、厅、州、县屠杀回民，因而激起回民大起义。马金保起于姚州(今姚安)，马复初起于新兴州(今玉溪)，马如龙起于临安(今建水)，杜文秀起于蒙化 (今巍山)，徐元吉起于澄江。这些各自为战的小股起义队伍，逐渐汇合成两支强大势力：一支以杜文秀为首的起义军，活动于云南西部；一支以马复初、马如龙为首的起义军，活动于云南东部和南部。杜文秀于9月16日(八月十八日)发动起义，攻占大理，开始建立政权，被推为总统兵马大元帅，发布檄文，宣布起义宗旨为反清救民，“安回安汉”，并采取恢复生产、减轻人民负担等措施，深得人民拥护。马复初、马如龙为回族上层分子，时战时和，终于在1861年(咸丰十一年)降清。1872年(同治十一年)底，清军围攻大理，杜文秀服毒后赴清营被杀。

太平天国革命时期，云南回民的反清起义。1854年，云南楚雄地方的汉回豪绅因争夺石羊厂矿引起纠纷，发生回民和汉人的武装械斗。当地官吏指使暴徒屠杀回民。1856年，姚州(今姚安)、蒙化(今巍山)、新兴(今玉溪)、建水、邱北等地回民纷纷起义。逐渐形成两支回民军：一支以杜文秀为首，活动于云南西部，以大理为中心；一支以马复初和马如龙为首，活动于云南东部和南部。杜文秀于蒙化起义后不久，攻克大理。同年10月，大理回民起义军推举杜文秀为“总统兵马大元帅”，授蔡春发为扬威大都督，负责各路军事。他们建立政权，颁布各项政策，“宣布遥奉太平天国南京之号召，革命满清，改正朔，蓄全发，易衣冠。田赋征粮米，除丁银。诉讼速审判。禁羁押”(中国近代史资料丛刊：《回民起义》第一册，第29页)。奖励农业生产，保护工商业，深得回、汉人民拥护。1862年，马如龙、马复初降清，并率部进驻昆明，进攻回民军。1867年，回民起义军围攻昆明两年之久，始终未能攻克，不得不撤围而去。英法侵略者曾试图以援助为诱饵，渗入云南，但未成功。1872年，大理被清军包围。在这期间，一个自称为杜文秀义子的刘道衡率八人代表团到英国、土耳其求援，因起义军迅速失败未果。1872年冬，大理危急，杜文秀见形势已无可挽回，服孔雀胆汁毒药后赴清营岑毓英军前投降，乞求他保全城中百姓。但是清朝反动统治者却下令血洗大理城。历时十七年的云南回民大起义，终于在清军血腥镇压下陷于失败。