回部之平定 

乾隆二十二年(1757)清廷在平定天山北路的准噶尔部时，原来被准噶尔部拘禁的天山南路的维吾尔族首领大和卓木和小和卓木(即布那敦与霍集占)乘机逃回天山南路。他们看到清军刚在伊犁立足，局势并不稳定，便集结天山南路各地回民起兵反清。

乾隆二十三年(1758)清廷在平定准噶尔部后，便命都统雅尔哈善率军前往征讨。清军以万余人兵力于当年七月包围了大、小和卓木驻守的库车，由于雅尔哈善过于轻敌，大、小和卓木乘夜间突围逃脱，清军毫无所获。后雅尔哈善以失利被处死。乾隆二十四年(1759)清廷立即令兆惠率军出征。最初，清军也曾收复了库车、阿克苏等地，但在叶尔羌附近却被围困，清军伤亡甚众，兆惠“面及胫皆伤”。(《清史稿·兆惠传》)“官兵处危地，皆死中求生”。(《清稗类钞·兆惠富德平大小和卓木》)在援军的配合下，才得以脱险。

大、小和卓木在战争中消耗了大量物力，就加重了对回民征收的赋税，有反抗者，就会遭到家破人亡的结局，再加上对部属的任用上有亲疏之分，遭到很多人反对，因而逐步形成了众叛亲离的局面。兆惠乘机集结大军三万人分别向喀什噶尔和叶尔羌展开猛攻。在强大的攻势下，大、小和卓木无力支撑，逐步向西败退，最后越过葱岭逃向国外，其部属一万二千人全部投降，清军缴获的牲畜有上万匹之多。战事从此结束。

乾隆二十五年(1760)，清廷在喀什噶尔设置参赞大臣，负责统辖天山南路全境，又在各地分别设置了办事大臣和领队大臣，负责军事上的守卫事宜。从此，天山南、北两路(今新疆维吾尔自治区全境)，又归入了清朝的版图。鉴于过去大、小和卓木的有失民心，清廷在天山南路还采取了轻税措施，这对发展当地的经济建设有一定积极的意义。